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至於張正琪一再強調自己是第三作者的jbc 2008論文，台大表示，該論文碩士生進行實驗履行時，張正琪是郭明良嘗試室的博士後研究員，受郭指派擔負該碩士生的嘗試指點者，加上其他相幹證詞，醫學院查詢拜訪小組及本校教評會認定，張正琪負有違背學術倫理的責任翻譯

至於jnci2006，張正琪示意，該篇早在客歲已完成勘誤，最後兩篇被台大認定為升等參考著作的oral oncol 2013、cell death differ（cdd）2013，張表示，日前皆已交付雜誌社所有原始圖檔，國際期刊並未勘誤、未遭撤稿，並無不實，且cdd該篇與升等教授無關。

張正琪日前召開記者會，針對四篇台大調查小組認定違反學術倫理的論文一一回應。張表示，已遭撤稿的jbc 2008論文，她僅是負責潤飾的第三作者，不曾操作過實行、製作或撰寫任何的圖片內容，懲辦成效不契合比例原則。

不過台大今表示，張正琪2016年申請副傳授升等傳授時，在所教評會及院教評會的升等申請資猜中，代表著作就包羅cdd2013，所及院送外審時的代表作，cdd2013也都包括在內，該論文直接影響升等傳授的評估，依據教育部及台大相幹劃定，違反學術倫理情況明確，應撤銷原核定及格傳授證書，並於五年內不得再行受理教師資曆申請翻譯

台大校教評會上月24日針對論文造假案做出懲辦，抉擇解職傳授郭明良、張正琪，但教評會決議出爐後，引發張正琪不滿，3月1日召開記者會「喊冤」，稱自己是「代罪羔羊」。台大今再度發表聲明，強調張正琪說法與事實不符，違反學術倫理的論文確實涉及升等，張聲稱為「第三作者」的該篇論文，張是嘗試指點者，違背學術倫理事實明白。

除上述兩篇論文，台大表示，其他論文除經張正琪申明及應查詢拜訪小組要求供給嘗試原始成果及數據，調查小組也請其他作者提供說明及相關資料，經調查小組委員嚴格交叉比對，認定張其他論文也有違反學術倫理，並非唯一jbc 2008論文違背學術倫理。